Jabatan Pendaftar memainkan peranan yang amat penting dalam menguruskan sumber manusia, pengurusan akademik, pembangunan bakat staf, pengurusan maklumat dan ICT serta perkhidmatan kemudahan pusat. Kesemua peranan ini diterjemahkan melalui bahagian-bahagian utama Jabatan Pendaftar.

Jabatan Pendaftar meliputi Bahagian Sumber Manusia, Bahagian Pengurusan Akademik, Bahagian Pengurusan Maklumat dan ICT, Jabatan Pendaftar (Kampus Kesihatan), Jabatan Pendaftar (Kampus Kejuruteraan), Seksyen Pengurusan Institut Perubatan dan Pergigian Termaju (IPPT), dan Pusat Transformasi Insan.